Simpatitzant de la Unidad Popular i el govern d'Allende, els sectors més de dretes el van acusar de capellà amb idees socialistes revolucionàries.
El dimecres 19 de setembre de 1973 a les 13 h, va ser detingut i colpejat a l'hospital on treballava. El van dur a l'Instituto Barros Arana, lloc de detencions, i a les 22 h va ser afusellat pel soldat Nelson Bañados i llençat al Mapocho des del Puente Bulnes, on un memorial recorda la seva memòria, el seu llegat i el de moltes altres persones que vam morir a mans dels militars.
I en aquest racó de Santiago avui s'ha celebrat un acte de commemoració i record a càrrec dels responsables del Movimiento Obrero de Acción Católica. Al final de l'acte, s'han cantat les Coplas de Juan Alsina, com cada any quan finalitza la commemoració:
¿Quién es este que aparece
como mísero despojo
y que ha sido recogido
en las aguas del Mapocho?
¿Quién es este que aparece
con el tórax traspasado
la cabeza machucada
y el rostro desfigurado?
¿Quién es este que aparece
transportado en un camión
uno más entre mil muertos
uno más entre el montón?
Este es mi amigo Juan
profeta de nuestros tiempos
que recién viene llegando
del lugar de los tormentos.
[...]
Este es mi amigo Juan
hombre de gran corazón
que recién viene llegando
de la gran tribulación.
Este es mi amigo Juan,
por ello nadie se asombre,
que quiso ser solidario
con la causa de los pobres.
[...]
